El historiador sanjuanense Rafael Ayala Echávarri realizó una ardua labor de investigación que dio como resultado la primera monografía de San Juan del Río a inicios de los años 70’s del siglo XX. Entre los datos que consiguió nos dejó información sobre el ciprés de la parroquia.
En el altar mayor de lo que fue la Parroquia de Españoles, que después y por muchos años fue la Parroquia de San Juan Bautista y que actualmente es el Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe, existe una estructura, un retablo que tiene forma de ciprés. Es una estructura arquitectónica mexicana exenta que corresponde a lo que se llama generalmente baldaquino, que es un elemento decorativo a modo de pabellón sostenido sobre columnas. Es de estilo neoclásico y está hecho totalmente de cantera. Se divide en dos cuerpos.
En el primer cuerpo se encuentran columnas labradas con diversidad de rosas. En el segundo cuerpo se hayan columnas labradas con espigas y racimos de uvas, símbolos de la Eucaristía. En la base del ciprés y al frente del altar se lee la frase en latín: Elegi et sanctificavi locum istum (He elegido y santificado este lugar).
Es al cura don Esteban García Rebollo, al que se le debe este ciprés, que fue construido a finales del siglo XIX. Se comenzó en junio del año 1877 y se terminó en diciembre del mismo. Este ciprés, a su vez, acabó con el bello altar neoclásico que mandó construir con mucha anterioridad el sacerdote don José Ignacio Camacho, entre 1832 y 1846, cuando fue párroco de San Juan del Río. Duró más o menos treinta años. Aún se conservan partes de este antiguo altar neoclásico.
Se dice que el ciprés fue construido por el señor Higinio Ángeles, mismo personaje que construiría posteriormente, en 1885, el acueducto de San Juan del Río.
La bendición de este nuevo ciprés se llevó a efecto el 12 de diciembre de 1877, por el Ilustrísimo y Reverendo Doctor Ramón Camacho, Obispo de Querétaro.
Un día antes se había estrenado en los maitines la custodia monumental, siendo también bendecida por el obispo de Querétaro. Esta custodia fue hecha por el artífice sanjuanense Camilo Martínez, orfebre de altos vuelos; su espléndido trabajo se nota en esta pieza que es una verdadera obra de arte, es extraordinaria. Se fabricó en plata repujada y labrada, con una altura de casi dos metros. Tuvo un costo de dos millones de pesos y se realizó en pequeñas piezas para poderse guardar en un cajón de cortas dimensiones. Además de esta custodia, don Camilo labró un cáliz que hace juego con la misma.
La custodia fue mandada hacer para colocarla en el segundo cuerpo del ciprés. En la Guía del Ferrocarril Central, que se ofrecía a los viajeros en el recién llegado ferrocarril hasta esta tierra en 1892, al referirse a San Juan del Río decía: "La parroquia es de sencillísimo estilo en su construcción exterior, pero su interior tiene un aspecto agradable. En el segundo cuerpo de su bonito ciprés de estilo corintio y rico dorado, se conserva una elegante custodia de gran tamaño y gusto artístico. El amable sacristán del Templo corre con gusto la cortinilla que cubre esta valiosa obra, siempre que así se lo suplican los turistas que visitan la población."
La custodia estaba en el segundo cuerpo del ciprés, ahora ocupa este lugar la imagen de la Virgen de Guadalupe, fabricada el 12 de octubre de 1767 y coronada el 19 de enero de 1949. Para ella fue que se nombró a este recinto como su Santuario, por un decreto que emitiera el obispo de Querétaro, Mario de Gasperín Gasperín, de fecha 1 de enero de 2006.
