San Juan del Río no permaneció al margen de las inquietudes de los demás pueblos de la Nueva España durante el periodo colonial; sentía latir en su seno la imperiosa necesidad de ser libre. Desde el año 1810, comenzó a germinar en los cerebros esta poderosa idea, que brotó en Querétaro y culminó en Dolores, propiciada por la deplorable situación por la que atravesaba España.
Debemos hacer énfasis en que la población de San Juan del Río era de franca filiación insurgente; es muy probable que un contingente sanjuanense se haya unido al cura Hidalgo en la guerra por la Independencia, lucharon junto a él en Aculco, la mayoría arrieros e indios de las haciendas de esta tierra que no tenían nada que perder y sí mucho que ganar. Fue aquí, en San Juan del Río, que Félix María Calleja del Rey, militar y político español (después 60º virrey de la Nueva España), pasó el 4 de noviembre de 1810 con rumbo a Arroyo Zarco (dirección México), y publicó un tronante bando.
El general resolvió darles batalla a los insurgentes comandados por Hidalgo en el pueblo de San Gerónimo Aculco, lugar donde lo derrotó. Calleja regresó a Querétaro con este triunfo en la mano y, al pasar por San Juan del Río, publicó un segundo bando con fecha 9 de noviembre.
Por ser estos bandos de Calleja de sumo interés para la historia de San Juan del Río, se hace notar que, en el primero de ellos, el “excelentísimo” perdona a todos los habitantes del pueblo que tomaron parte en la insurrección, prestaron auxilios o delinquieron de algún modo, con tal de que entregasen o delatasen de forma inmediata a los principales cabecillas, y a quienes hubieran cooperado a fomentar y propagar la insurrección. En el mismo, les solicitaron llevar cuantas armas de fuego y blancas existieren en su poder, lo mismo que pólvora y demás municiones de guerra que tuvieren, en el concepto de que a quienes las ocultasen serían tratados y castigados como cómplices en la insurrección.
También se prohibió la salida de individuos del pueblo sin el correspondiente permiso; se prohibieron las juntas o concurrencias que pasaran de tres personas; se les obligó a mantener el sosiego público y la obediencia a las autoridades legítimas; vigilando sobre pasquines y conversaciones sediciosas.
Era tanta la crisis que se les conminó a obedecer: “serán tratados sin conmiseración alguna, pasados a cuchillo, y el pueblo reducido a cenizas”.
En el segundo bando, se asentaba a los traidores Hidalgo, Allende, Aldama, Abasolo y otros, habían sido derrotados el día 7 en Aculco, confiscándoles toda su artillería, vagones y municiones; se cuentan estragos en más de tres mil hombres entre muertos y heridos, “y sus restos vagan fugitivos por los montes”.
Se hablaba de que se trataba del “exterminio de cuantos siguen a los traidores o han abrazado su partido, por medio de castigos ejemplares que sirviesen de escarmiento”, todo esto para amenazar a los seguidores de la causa independentista. Al más puro estilo de terrorismo, se “espantaba” para en seguida aseverar que “las tropas se han conducido con la mayor moderación; y deseando hacer notorias a todos las benignas intenciones del superior gobierno de este reino, y las que particularmente animan al excelentísimo señor virrey don Francisco Xavier Venegas, cuyos paternales sentimientos no aspiran a otra cosa que ahorrar en lo posible la efusión de sangre, restituir a los habitantes de este reino la felicidad y el reposo de que disfrutaban antes a la sombra de un gobierno justo y benéfico, y libertar vidas y haciendas de las calamidades y desdichas en que los han arrojado con engaños e imposturas las más a absurdas, los miserables autores de la rebelión”.
Ofrecían a cambio el indulto, el perdón general y “retirarse a sus casas”; en el entendido de que no serían molestados en sus personas, haciendas e intereses por esa causa, exceptuando, claro está, a los cabecillas. También, este documento plasmó el pago de una gratificación a aquel que presentase alguna de las cabezas de los principales insurrectos: Hidalgo, Allende, los dos hermanos Aldama, y Abasolo, con la cantidad de diez mil pesos.
Este segundo bando se publicacó en San Juan del Río el 12 de noviembre de 1810, y en el mismo se resolvió que se hiciera extensivo a todos los lugares del reino de Nueva España, “a donde hubiere llegado el fuego de la infame rebelión”.