Para el mes de mayo del año 1821, el Plan de Iguala ya se había proclamado en la mayoría de las provincias de la Nueva España. En Querétaro, en los pueblos de la serranía de El Doctor, volvió a ser proclamada la independencia por don José Antonio Magos, quien, como don Ramón Rayón, don Nicolás Bravo, los Pachones y otros insurgentes de la primera época, había vuelto a tomar las armas. Para sofocar este movimiento el virrey destacó al coronel José María Novoa con una sección de doscientos caballos de Frontera, Sierra Gorda, Príncipe y Urbanos de San Juan del Río, cuyo jefe atacó y derrotó a Magos en las inmediaciones de Ixmiquilpan (Hidalgo), reduciendo así dichos pueblos a la obediencia del gobierno.
La proclamación de la independencia por las tropas realistas del Bajío y a la sazón que el general Iturbide estrechaba Valladolid (hoy Morelia) a que se rindiese, hicieron sentir al gobierno virreinal la necesidad de reforzar Querétaro para contener allí el desatado torrente que del interior amenazaba correr hasta la capital. Para ello era preciso ante todo conservar San Juan del Río, que por su situación sobre el camino que conduce de México a Querétaro, y por su proximidad a esta última población, era punto importantísimo, y del cual dependía la suerte de la misma Querétaro. Así, antes de recibir el virrey la noticia de la capitulación de Valladolid, ordenó que las tres compañías del batallón de Murcia, con las cuales volvió a la obediencia del gobierno virreinal el teniente coronel Martín Almela, y que habían marchado a reforzar la guarnición de Toluca, saliesen de esta ciudad y se dirigiesen violentamente a San Juan del Río; dispuso también que las secciones destinadas a perseguir a don José Antonio Magos se concentraran en esa población, y nombró comandante de la plaza al coronel Novoa en lugar del teniente coronel Reyna, a fines de mayo.
Tuvo aviso Iturbide de esas disposiciones militares, y con el propósito de impedir la entrada de las compañías de Murcia en San Juan del Río, destacó desde Valladolid al teniente coronel Parres con el batallón de Celaya y ochocientos caballos. Esta fuerte sección marchó rápidamente, pero con mayor violencia anduvieron las compañías de Murcia, logrando llegar a San Juan del Río cuando los independientes entraban en la hacienda de El Colorado, lugar que se halla entre San Juan y Querétaro. Parres continuó su marcha y al llegar a tiro de fusil, estableció sus posiciones y entregó el mando al coronel don Anastasio Bustamante, quien llegó al campo de los independientes con un refuerzo de doscientos caballos. La guarnición realista, compuesta de mil cien hombres, comenzó a desertar desde que se presentaron los independientes a la vista, y mayor fue el desbandamiento a la llegada del coronel Luis Quintanar -quien ya se había unido a Iturbide al capitular Valladolid- a San Juan del Río al mediodía del lunes 4 de junio de 1821, al frente de otra división, la cual acabó de ceñir por todo viento a este pueblo.
Los insurgentes, que desde su llegada a San Juan ocupaban el Puente de Piedra (Puente de la Historia) –ubicado sobre el Camino Real en la salida poniente del pueblo-, se mantenían en el con serenidad, dispuestos a esperar la acción en el pequeño espacio que hay entre la Venta y el puente. En este punto llegó el coronel Anastasio Bustamante con ciento ochenta caballos de su división y quedaron a sus órdenes las fuerzas de Parres. De este modo la fuerza española situada en San Juan del Río, compuesta de mil cien hombres, quedó totalmente cortada, perdida después toda esperanza con la estrechez del sitio que acabó de ponerle la división de Luis Quintanar. Debilitada su fuerza con la continua deserción y temerosos de un asalto que no podían resistir, se procuraron un honroso acomodamiento que solicitó su comandante, el coronel Novoa, logrando así la capitulación de la plaza. Mucha infantería y caballería se pasó al lado insurgente.
Según el historiador Rafael Ayala Echávarri, en aquel tiempo, La Venta era propiedad de don Luis Quintanar y por ello se convirtió, a partir de la llegada de los independientes, en el cuartel del Ejército Trigarante en el pueblo de San Juan del Río, sitio desde donde despachó el primer jefe del ejército, Agustín de Iturbide.
