El anterior Templo Parroquial de San Juan del Río fue elevado al rango de Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe hace 12 años por el entonces Obispo de la Diócesis de Querétaro Mario de Gasperín Gasperín.
Este recinto sacro es el de mayor jerarquía en San Juan del Río; en su interior se juraron las constituciones españolas de Cádiz de 1812 y 1820, así como la primera de la República en 1824.