Estas tierras fueron habitadas desde 500 a.C. por grupos que fueron identificados con la llamada cultura Chupícuaro, asentados en la cima del cerro del Techimacit en el Barrio de la Cruz, lugar poblado poco después de la conquista de Tenochtitlán por otomíes procedentes de Jilotepec, según documento escrito por Francisco Ramos de Cárdenas, con el nombre en nahua Iztacchichimecapan, que significa: Tierra de chichimecas blancos, teniendo como cacique a un indígena llamado Mexici, quien al ser bautizado recibió por nombre Juan.
Juan Mexici, fue el fundador de San Juan del Río, junto con pacificadores de los que se tiene más datos: Don Nicolás de San Luis Montañez, don Diego de Tapia, don Pedro Martín de Toro, y don Valerio de la Cruz -según relata don Rafael Ayala Echávarri- Además de Mexici, “otros indios de estirpe otomí, entre ellos uno llamado Conin (bautizado con el nombre de Hernando y tomó como apellido de Tapia) …oriundo de Nopala…” acordó ir a poblar tierra de chichimecas, quien junto con Don Nicolás de San Luis Montañez, conquistaron tierras con la ayuda de Hernán Pérez de Bocanegra y el Supremo Gobierno de Nuño de Guzmán.
En relación a la conquista de San Juan del Río y su fundación, don Rafael Ayala escribió, basado en la crónica de una relación de méritos de don Nicolás de San Luis Montañez, el relato en el que destaca importantes hechos entre los que hoy nos referimos al acontecimiento del 24 de junio de 1531.
Relata que los pacificadores salieron de Jilotepec rumbo a San Juan del Río, el batallón militar asesorado por un pequeño núcleo de soldados españoles, así como de uno o dos religiosos, que quienes guiaban la expedición eran don Pedro de Cristo, don Alonso de Granada y don Alfonso Guini, don Miguel de Bocanegra, el capitán de guerra don Martín Arco y Flecha y San Luis Montañez…
“… Ya se dijo que en este sitio, y a orillas del río, Juan Mexici había fundado ya este poblado. Por lo tanto, los pacificadores llegaron a un lugar habitado por gente de su mismo origen, seguramente conocidos. No hubo derrame de sangre, ni siquiera se intentó hacer ninguna escaramuza, sino que llegaron y asentaron tranquilamente a sus soldados….
Entraron a lo que ahora es el centro de la población el 24 de junio de 1531 y ese mismo día se dijo misa, después de celebrada, se congregaron todos y acto seguido se levantó el Fiscal Mayor, que posiblemente haya sido alguno de los indios principales que acompañaban a San Luis Montañez, quien les manifestó que tuvieran fuerzas para la empresa que habían empezado en nombre del Rey de España, que asimismo le pidieran a Dios fuerzas para seguir adelante.
Dijo el fiscal que era día de san Juan Bautista y que en el paraje donde estaban había unos ojos de agua, así que por lo tanto debía de ser allí fundado el pueblo y que debería llamarse el Pueblo de San Juan del Río, por el caudaloso río que pasa a sus orillas. Con este hecho, todos gritaron de contento…” realizaron el paseo, trazaron las calles del pueblo que fueron cuatro, se hizo el fundo del pueblo y se hizo la primera capilla…
“El capitán General don Nicolás de San Luis Montañés ordenó que se repicaran las campanas que traían, que se tocaran los clarines y las cajas de guerra, que salieran a recorrer el fundo legal… y después del recorrer las calles recién trazadas todos gritaron a viva voz: Pueblo de San Juan del Río en nombre de Dios nuestro Señor, del cielo y de la tierra quedas fundado”
