En el centro histórico de la ciudad existe un edificio construido desde el siglo XVI, en el que se ubicaron las Casas Reales, consistoriales o de administración durante el virreinato de la Nueva España y que posteriormente también ocuparon la Real Cárcel, se trata del inmueble que hasta hoy conocemos como el Centro Histórico y Cultural, que se ubica frente al Portal del Diezmo cruzando la antigua Plazuela del Sacromonte. Este sitio ocupaba toda la cuadra, es decir, desde la hoy calle de Reforma hasta la calle de Allende. Inicialmente fue el lugar donde se hacía la revisión de ganado rumbo a las minas y los nuevos territorios de Nueva España hacia el norte, toda vez que fue construida sobre el antiguo Camino Real de Tierra dentro, hoy la Avenida Juárez. Todo aquel que transportaba cargas diversas tenía la obligación de registrarlas en este edificio ante el Juez de Registros. El lugar tenía gran terreno y corrales para su buena función, de ahí viene lo ancho de su frente en este tramo de la Avenida Juárez, pues antes no existía ni la plazuela ni el templo del Señor del Sacromonte.
Para el siglo XVIII, se instalan en este lugar las oficinas de la Prefectura Municipal. La entrada estaba al frente del edificio bajo un portal de tres arcos con el que contaba al costado izquierdo de su fachada, este media unos diez metros de largo y se le conocía como el Portal de la Comandancia ya hacia tiempos más modernos; desafortunadamente fue derrumbado en la década de los años 70’s del siglo XX al intentar hacer una calle, de ahí que la acera esté tan ancha a las afueras y hasta encontrarse con el Portal de Reyes, aunque también había acceso por la calle de Reforma (antigua calle de Los Leñadores). Su fachada todavía conserva el remate original que sirve para descanso al asta bandera, mismo que tenía pintada un águila imperial. Ah sufrido varias composturas y remodelaciones, según las necesidades de la época. En el techo de viguería de la entrada principal se puede observar al centro la fecha DICIEMBRE 1825, también se podía leer la inscripción “La Cárcel Nacional”, pero de entre tantas remodelaciones quedó cubierta.
A finales del siglo XX, en el año 1983, durante el gobierno de Leopoldo Peralta Navarrete, como Presidente Municipal de San Juan del Río, encontrándose el edificio vacío y semidestruido, es que se rehabilita y se inaugura en él una Casa de las Artesanías, que tenía la finalidad de exhibir los productos propios de la región. Poco después, en la misma década, se alojó allí un restaurante de comida italiana con el nombre “Michelangelo”, y también estuvieron oficinas del Poder Judicial del Estado de Querétaro (policía judicial). Entre 1988 y 1991, durante la gestión de Jaime Nieto Ramírez como alcalde de San Juan del Río, el edificio es rescatado de forma definitiva para ser dedicado a la cultura y las artes. El 24 de junio de 1991, en el marco del aniversario de la fundación de San Juan del Río, se inaugura el recinto al que se le denomina como “Centro Histórico y Cultural”, resaltando que el Archivo Histórico Municipal es instalado en uno de sus espacios.
Entrando el siglo XXI, en el año 2000, con Gilberto Ortega Mejía como Presidente Municipal, sufre otra restauración y además se reestructuraron todas las áreas del edificio quedando de la siguiente forma: se creó una sala museográfica a la que se le denominó “Iztacchichimecapan. Nuestras Raíces”, que presentaba acervo arqueológico encontrado principalmente en la zona de El Rosario y La Estancia; un foro abierto; el Archivo Histórico Municipal; la Biblioteca Pública Municipal “Juan María Wenceslao Sánchez de la Barquera y Morales”; un módulo de servicios digitales; una galería de arte; una librería, entonces nombrada “Dr. Rafael Ayala Echávarri”; y las oficinas de la entonces coordinación de Patrimonio Cultural y la de Turismo. Tiempo después albergó también la oficina de la Dirección de Cultura del Municipio.
Para el año 2014, todas las oficinas de la dependencia de Cultura y Turismo fueron trasladadas al recién restaurado Portal del Diezmo. En enero de 2016, se hace lo mismo con el Archivo Histórico Municipal y, en diciembre de ese mismo año, se traslada la biblioteca pública Juan María Wenceslao Sánchez de la Barquera y Morales. Para 2015 había dos museos instalados en este edificio, los cuales fueron cerrados debido a las condiciones de derrumbe por el mal estado estructural de la propiedad, lo que atentaba contra su funcionamiento, preservación y la integridad de las personas. La Sala Museográfica “Iztacchichimecapan. Nuestras Raíces” y la Sala de Historia “Aurora Castillo Escalona” fueron cerrados en 2016.
